¡La Luna se acerca peligrosamente a la Tierra! Con el reloj que señala el fin del mundo avanzando inexorablemente, ¿podrá Naruto salvar el mundo de esta crisis?

Ya han transcurrido dos años desde la fatídica batalla entre Naruto y Sasuke. Hinata teje en secreto una bufanda para Naruto con todo su amor, pero no se atreve a dársela porque la popularidad de este tras convertirse en el héroe de la villa hace que lo sienta más distante que nunca. Entonces, un hombre misterioso aparece ante Hinata con un perturbador mensaje: «El último día se acerca… Pero antes… volveré a por ti, Hinata…» ¡Y la Luna comienza a caer sobre la Tierra! Mientras el mundo ninja libra una desesperada batalla contra el fin del mundo, Naruto y sus amigos se embarcan en una aventura para rescatar a Hanabi, la hermana pequeña de Hinata. ¿Conseguirán los sentimientos de Naruto y Hinata imponerse al trágico destino que conecta al Clan Otsutsuki con el Clan Hyuga?