El juego transcurre en un futuro distópico en el año 2052. El jugador asume el papel de J.C. Denton, agente de la Coalición Antiterrorista de las Naciones Unidas (UNATCO por sus siglas en inglés), cuyo cuartel se ubica en Ellis Island, Nueva York, EE.UU. J.C. y su hermano Paul Denton son los primeros de una nueva generación de operativos cuyas habilidades han sido aumentadas a niveles superhumanos de eficiencia valiéndose de infusiones de nanotecnología.

Adaptación del videojuego de la franquicia "Deus Ex", que se inició en el año 2000 y cuya última entrega fue 'Deus Ex: Human Revolution', lanzada en 2011 y convirtiéndose en número 1 en ventas en todo el mundo, ganando además más de 100 premios de la industria. Desarrollado por Eidos-Montréal y publicado por Square Enix, 'Deus Ex: Human Revolution' servirá como modelo principal para el film.