La humanidad se encuentra una vez más en peligro de caer en las garras del Imperio Subterráneo, que en el pasado fue liderado por el científico malvado Dr. Infierno. Entonces, Koji Kabuto pilotó al súper robot Mazinger Z y, con la ayuda de sus amigos del Instituto de Investigaciones Fotónicas, frustró las malvadas ambiciones del Dr. Infierno y devolvió la paz al mundo.

Han transcurrido 10 años desde entonces... Ahora que ya no es piloto, Koji Kabuto ha seguido el camino de su padre y su abuelo iniciando su carrera como científico. Y ahora encuentra una gigantesca estructura enterrada en las profundidades del Monte Fuji, junto con una misteriosa indicación de la vida... Nuevos encuentros, nuevas amenazas y un nuevo destino aguardan a la humanidad. El antiguo héroe Koji Kabuto debe tomar una decisión sobre el futuro: ser un dios o un demonio...