'Zeta' comienza con cuatro exoficiales de inteligencia españoles siendo asesinados al mismo tiempo en distintas embajadas del mundo. El CNI descubre que todos participaron hace 35 años en la oculta "Operación Ciénaga", que ocurrió en Colombia y donde un quinto oficial de inteligencia -el único que ha escapado de los asesinos- también estuvo implicado.

Encontrarle será el primer objetivo para el CNI, que pone al frente de la misión a su mejor miembro: Zeta. Pero Zeta no estará solo en su misión. Colombia también le busca mediante una de sus mejores agentes, Alfa, que parece saber más de "Ciénaga" que la inteligencia española. A medida que Zeta y Alfa avanzan en su investigación, irán sorteando peligros y desenterrando secretos que llevaban años silenciados...