El interés de Alex por las misiones ninja empieza a desvanecerse. Prefiere pasar el tiempo con sus amigos, y Ninja a Cuadros se siente ignorado y está deseando embarcarse en una nueva misión. Como resultado, Alex, sin querer, termina teniendo un conflicto con Marco, el novio travieso de Jessica, su exnovia. Los problemas no disminuyen cuando Alex se hace amigo de Emily, la nueva chica de la clase. Jessica sigue enamorada de Alex, y al mismo tiempo, está extremadamente celosa. Además, tenemos al padrastro de Alex, John, quien intenta tomarse su rol de padre demasiado al pie de la letra, según Alex, y, al final, Alex se siente presionado por todos lados. Pero resulta que la amenaza contra él tiene su origen en algo totalmente distinto.

Tercera entrega de la saga 'Ninja a cuadros'.